闽南文化研究院是在国务院台办、全国台联、台盟中央和福建省政府及相关部门的关心指导下，整合海峡两岸相关高校优质资源，于2012年6月组建的。研究院下设学术委员会分会、办公室、《闽台文化研究》编辑部、闽南文献与海疆文化研究所、闽南方言文化研究所、闽南民间信仰研究所、闽台家族社会与文化研究所、两岸一体化趋势研究所等，是集人才培养、科学研究、编辑出版、文化交流、社会服务为一体的综合性教学科研单位。研究院现有专、兼职研究人员47人，其中教授22人，副教授13人，具有博士学位32人。

闽南文化研究院深入贯彻落实习近平总书记对台工作重要论述，践行高等教育“四个服务”要求，发挥学科和专业优势，坚持人才培养、学术研究和文化交流并举，在增进两岸文化认同、服务两岸文化交流、推动两岸关系和平发展、促进祖国和平统一大业中发挥了积极作用。自2012年承担服务国家特殊需求“闽南文化与两岸交流研究”博士人才培养项目至今，闽南文化与两岸交流研究”博士人才培养项目已经培养闽南文化与两岸交流专业博士生75人（其中台籍博士生26人），创造了大陆高校单一学科点招收台籍博士生人数之最，培养储备了一批从事闽南文化研究与两岸交流的高层次人才。

充分发挥闽南文化资源优势，把闽南文化特色全面融入学科专业建设和人才培养中。设立“优秀闽南文化本科人才培养计划”改革试点班、“卓越闽南文化人才实验班”、闽南文化特色二级学科硕士点，承担服务国家特殊需求的“闽南文化与两岸交流研究”博士人才培养项目，培养面向国家和地方涉台部门、机构以及从事两岸文化交流的专业人才，构建目前国内外唯一的从本科到硕士、博士齐备的闽南文化与两岸交流特色人才培养体系，全链条培养服务国家统一特殊需求的两岸融合型专业人才。

充分发挥地缘和学缘优势，致力于闽南文化与两岸交流的学术研究与传承。主办目前福建省唯一一份全国公开发行的闽台文化研究学术期刊《闽台文化研究》，十年来共计刊发研究文章560余篇，出版7万余册；建立教育部两岸语言文化交流研究中心、福建省社科研究基地闽南文化研究中心等平台；获批设立福建省对台交流基地、福建省高校中华优秀传统文化基地、闽南师范大学闽台传统戏曲（歌仔戏）传承基地。

至今有11人次先后获国家社科基金项目；主持省部级社科基金项目39项；在CSSCI等期刊发表高水平学术论文270余篇；10多项智库研究成果被收录，其中两篇建言献策获中央政治局常委批示；出版《台海文献汇刊》（60册）、《闽南涉台族谱汇编》（100册）、《台湾族谱汇编》（80册）、《台湾族谱续编》（20册）、《台湾通史》（六卷本）等60多部著作，获得省部级以上奖励12项。