名誉院长：林晓峰 李进金 王复兴 林继中 陈支平          

院长：黄金明  

副院长：刘云

闽南文献与海疆文化研究所所长：陈庆元   副所长：郑礼炬，向忆秋

闽南方言文化研究所所长：马重奇    副所长：吴晓芳

闽南民俗与宗教文化研究所所长：郑镛  副所长：马海燕

闽南家族文化研究所副所长：王建红，苏惠苹

台湾文化研究所所长：安拴虎

弘一大师研究所所长：马海燕 

《闽台文化研究》主编：邓文金

特聘教授：陈支平 陈庆元 林国平 马重奇